复旦大学上海医学院（原上海医科大学）创建于1927年，创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国人创办的第一所国立大学医学院，颜福庆出任首任院长。1932年，独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，因抗战爆发内迁至云南昆明。1940年，辗转迁至四川重庆。1946年，抗战胜利，迁回上海。1952年，更名为“上海第一医学院”。1959年，被定为全国16所重点高等学府之一。1985年，更名为“上海医科大学”。2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2012年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。2017年，中共复旦大学上海医学院工作委员会（简称上海医学院党工委）成立，是学校党委的派出机构，负责统筹协调医口机关党的工作，领导医口机关群团工作，指导医学相关院系、所、中心和附属医院党的思想、组织、作风、制度、反腐倡廉建设及附属医院行风建设，切实发挥领导核心和监督保证作用，为大医口建设、改革、发展和稳定提供保证。
有直属院系所9个。设有本科专业9个：临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制）、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学，高职专业1个：护理。有博士学位授予权的一级学科9个（医学门类6个，非医学门类3个），设有博士后科研流动站8个：生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学。 现有博士研究生2 300人，硕士研究生2 605人，普通本科生3 714人，专科生496人，共计9 115人。有中国科学院院士5人，中国工程院院士5人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授24名，讲座教授8名，另有青年长江学者3名。牵头科技部2016年度十三五重点研发专项资助项目共计17项。国家杰出青年基金获得者36人，国家自然科学基金优秀青年基金获得者15人。
有一级学科国家重点学科3个：生物学、基础医学、中西医结合，二级学科国家重点学科12个：内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、眼耳鼻喉科学、肿瘤学、妇产科学、流行病学与卫生统计学、药剂学、社会医学与卫生事业管理；有国家临床医学研究中心1个：老年疾病，有国家重点实验室1个：医学神经生物学，教育部重点实验室5个：医学分子病毒学、代谢分子医学、智能化递药、公共卫生安全、癌变与侵袭原理，卫计委（卫生部）重点实验室9个：糖复合物、抗生素临床药理、手功能重建、卫生技术评估、医学分子病毒学、听觉医学、近视眼、病毒性心脏病、新生儿疾病，上海市重点实验室8个：周围神经显微外科、医学图像处理与计算机辅助技术、器官移植、女性生殖内分泌相关疾病、视觉损害与重建、乳腺肿瘤、出生缺陷防治、老年医学临床。
上海医学院全面进入校区改扩建工程建设阶段，已启动一号医学科研楼、二号医学科研楼、学生书院、医科图书馆、综合游泳馆、地下停车库的楼宇建设。
附属医院16所（含筹），分别是复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属精神卫生中心（筹）、复旦大学附属青浦区中心医院（筹）、复旦大学附属静安区中心医院（筹）、复旦大学附属闵行区中心医院（筹）、复旦大学附属口腔医院（筹）。